3995:
highly accurate screening for small structural motifs featuring definition of position-specific exchanges, detection of intra- and inter-molecular occurrences, definition of arbitrary atoms used for motif
3404:
discontinuous structure matching; induced fit consideration; flexible geometrical and physicochemical specificity definition; transplantation of similar spatial arrangements of amino acid residues
4808:"MICAN : a protein structure alignment algorithm that can handle Multiple-chains, Inverse alignments, C Ī± only models, Alternative alignments, and Non-sequential alignments"
21:
5053:
4412:
4364:
4321:
4256:
3270:
onstraints for analysing genetic data structured for a family or phylogenetic tree using constraints in protein-coding sequence alignments.
5072:
4337:"ARTEM: a method for RNA tertiary motif identification with backbone permutations, and its example application to kink-turn-like motifs"
144:
M. van Kempen & S. Kim & C. Tumescheit & M. Mirdita & J. Lee & C. Gilchrist & J. Sƶding & M. Steinegger
3800:
Protein structure alignment beyond spatial proximity (evolutionary information and hydrogen-bonding are taken into consideration)
4377:
4334:
4208:-- The method allows for some flexibility within the structures being compared, such as movements around hinge regions.
4229:"ARTEMIS: a method for topology-independent superposition of RNA 3D structures and structure-based sequence alignment"
4859:"Fast and accurate non-sequential protein structure alignment using a new asymmetric linear sum assignment heuristic"
4083:
3336:
269:
232:
502:
4910:"Fit3D: a web application for highly accurate screening of spatial resiudue patterns in protein structure data"
4950:
4067:
Small structural motifs search that takes seconds to run on 180k or more structures, with nucleic acid &
3753:
2236:
Protein structure alignment and visualization of structural similarities; alignment of multiprotein complexes
4561:"ProBiS algorithm for detection of structurally similar protein binding sites by local structural alignment"
4475:
Aung, Zeyar; Kian-Lee Tan (Dec 2006). "MatAlign: Precise protein structure comparison by matrix alignment".
4708:"Alignment of distantly related protein structures: algorithm, bound and implications to homology modeling"
4378:
van Kempen M.; Kim S.; Tumescheit C.; Mirdita M.; Lee J.; Gilchrist C.; Sƶding J.; Steinegger M. (2023).
3373:
Maximal common 3D motif; non-parametric; outputs pairwise correspondence; works also on small molecules
3282:
2806:
4335:
Baulin E.F.; Bohdan D.R.; Kowalski D.; Serwatka M.; ÅwierczyÅska J.; Å»yra Z.; Bujnicki J.M. (2024).
4272:"A comprehensive survey of long-range tertiary interactions and motifs in non-coding RNA structures"
1731:
1178:
3722:
1130:
180:
530:
68:
Topology-independent superposition of RNA/DNA 3D structures and structure-based sequence alignment
3385:
3388:
1961:
1933:
543:
314:
4011:
3843:
3812:
4757:"TS-AMIR: a topology string alignment method for intensive rapid protein structure comparison"
4042:
3923:
446:
5047:
4406:
4358:
4315:
4250:
801:
5007:
4662:
2251:
96:
Superposition of two arbitrary RNA/DNA 3D structure fragments & 3D motif identification
25:
4955:"Statistical inference of protein structural alignments using information and compression"
2960:
Structural Search and
Retrieval using a Tableau Representation of Protein Folding Patterns
2628:
887:
8:
4379:
4030:
Bayesian statistical inference of alignments based on information theory and compression.
3976:
1409:
5011:
4666:
4298:
4271:
4202:-- Only rigid-body transformations are considered between the structures being compared.
3310:
3055:
1078:
5030:
4995:
4834:
4807:
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4707:
4683:
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1150:
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5035:
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4839:
4788:
4737:
4688:
4631:
4610:"Calculating and scoring high quality multiple flexible protein structure alignments"
4590:
4541:
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4303:
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4609:
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4996:"Real-time structural motif searching in proteins using an inverted index strategy"
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4870:
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4719:
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4670:
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4283:
4236:
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A topology string alignment method for intensive rapid protein structure comparison
3671:
2644:
Comparing topological models of protein structures enhanced with ligand information
1902:
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3298:
Fast and accurate protein substructure searching with simulated annealing and GPUs
2916:
2325:
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688:
518:
nvironment. Extensive platform for protein and protein-ligand structure modelling.
256:
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4512:"Detection of spatial correlations in protein structures and molecular complexes"
3351:
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1664:
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3815:
2656:
20:
is a compilation of software tools and web portals used in pairwise or multiple
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3006:
375:
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Protein structure repository with visualisation and structural analytics tools
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3114:
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4008:
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Least
Squares Root Mean Square deviation minimization by dynamic programming
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Protein
Structural Alignment based on a vectorial Structure Representation
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1736:
Combinatorial algorithm for nonsequential and gapped structural alignment
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3483:
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1446:
914:
lignment, and Global
Distance Test (GDT-TS) structure similarity measure
301:
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2991:
Tableau-based protein substructure search using quadratic programming
840:
731:
614:
4907:
3216:
ignment: superposing proteins by matching their collective movements
3052:
489:
3592:
2313:
Comparison of protein structures by growing neighborhood alignments
1350:
Alignment as a superimposition of common volumes at a topomax point
1299:
167:
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3228:
2749:
2362:
2215:
4428:"LGA: A method for finding 3D similarities in protein structures"
3086:
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2172:
1784:
969:
2294:
1213:
4648:
4270:
Bohdan D.R.; Voronina V.V.; Bujnicki J.M.; Baulin E.F. (2023).
3161:
2477:
Structural
Alignment based on Differential Geometrical Encoding
1502:
136:
124:
Fast and accurate protein structure alignment and visualisation
4993:
3511:
3416:
2885:
1256:
1066:
Database search on substructural level and pairwise alignment.
4755:
Razmara, Jafar; Safaai Deris; Sepideh
Parvizpour (Feb 2012).
982:
4856:
3102:
A simple and fast heuristic for protein structure comparison
2944:
2489:
2132:
Protein
Structure Alignment Using Local Geometrical Features
1050:
364:
4908:
Kaiser, F.; Eisold A.; Bittrich S.; Labudde D. (Oct 2015).
4649:
Wang, Sheng; Jianzhu Ma; Jian Peng; Jinbo Xu (March 2013).
3772:
Fast
Pairwise or Multiple Alignments using Gaussian Overlap
3190:
2218:
4805:
4380:"Fast and accurate protein structure search with Foldseek"
2536:
1874:
1617:
4558:
3354:
1843:
1831:
Fast
Multiple Structural Alignment using T-Coffee and Sap
642:
139:
3784:
999:
391:
Multiple protein structure alignment based on TM-align
4651:"Protein structure alignment beyond spatial proximity"
3074:
Energy-based multiple structural alignment of proteins
987:"super" command does sequence-independent 3D alignment
113:
Bohdan D.R.; Voronina V.V.; Bujnicki J.M.; Baulin E.F.
31:
4705:
4509:
18:
list of structural comparison and alignment software
4857:Brown, P.; Pullan W.; Yang Y.; Zhou Y. (Oct 2015).
4477:
5064:
4474:
4227:Bohdan D.R.; Bujnicki J.M.; Baulin E.F. (2024).
4806:Minami, S.; Sawada K.; Chikenji G. (Jan 2013).
1800:Fast structure alignment using Voronoi contacts
4949:Collier, J.; Allison L.; Lesk A.; Stuckey P.;
4706:Wang, Sheng; Jian Peng; Jinbo Xu (Sep 2011).
1890:Internal Coordinates and BLAST type algorithm
5052:: CS1 maint: multiple names: authors list (
4411:: CS1 maint: multiple names: authors list (
4363:: CS1 maint: multiple names: authors list (
4320:: CS1 maint: multiple names: authors list (
4255:: CS1 maint: multiple names: authors list (
4146:-- Pairwise Alignment (2 structures *only*);
3432:Topology-independent 3D structure comparison
1464:Hierarchical protein structure superposition
37:
4987:
4134:-- Secondary Structure Elements Alignment;
35:
5029:
5019:
4970:
4925:
4884:
4874:
4850:
4833:
4823:
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4772:
4731:
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4642:
4625:
4584:
4535:
4451:
4371:
4348:
4328:
4297:
4287:
4263:
4240:
4220:
3499:Comparing three-dimensional shape-density
408:R. Dong, Z. Peng, Y. Zhang & J. Yang
4942:
4419:
4994:Bittrich S, Burley SK, Rose AS (2020).
4748:
4607:
4468:
4425:
4164:-- Connolly Molecular Surface Alignment
4152:-- Multiple Structure Alignment (MStA);
85:Bohdan D.R.; Bujnicki J.M.; Baulin E.F.
5065:
4699:
3694:ndex based structural alignment method
3335:Provides CE, FATCAT, CE variation for
1949:Conformation-based alphabet alignments
1921:Conformation-based alphabet alignments
4901:
4799:
4608:Ritchie, David W. (September 2016).
4559:Janez Konc; DuÅ”anka JanežiÄ (2010).
4601:
4510:Sippl, M.; Wiederstein, M. (2012).
3583:CĪ± & Dihed & SSE & Surf
2932:Maximum likelihood superpositioning
1648:ptimization methods for Structural
1138:-based multiple structure alignment
32:Structural comparison and alignment
13:
5073:Structural bioinformatics software
4170:-- Solvent Accessible Surface Area
3178:ites by Local Structural Alignment
3166:Detection of Structurally Similar
14:
5084:
2798:J. Vesterstrom & W. R. Taylor
4761:Algorithms for Molecular Biology
4122:-- Backbone Atom (CĪ±) Alignment;
2873:Sequence-Structure Hybrid Method
1764:Protein Structure Comparison by
4059:
3990:
3937:
3857:
3795:
3720:
3639:
3564:
3525:
3467:tifs based protein structural a
3455:
3399:
3327:
3242:
3159:
3097:
3020:
2955:
2949:D.L. Theobald & D.S. Wuttke
2899:
2837:
2763:
2691:ligned Fragment Pairs Allowing
2667:
2612:-score based protein structure
2600:
2500:
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2339:
2262:
2183:
2127:
2057:
2005:
1944:
1885:
1826:
1759:
1729:
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1128:
1061:
1034:ligned Fragment Pairs Allowing
980:
898:
812:
742:
653:
586:
457:
349:
267:
230:
4552:
4503:
2661:M. Veeramalai & D. Gilbert
357:score based protein structure
1:
4972:10.1093/bioinformatics/btw757
4927:10.1093/bioinformatics/btv637
4876:10.1093/bioinformatics/btv580
4724:10.1093/bioinformatics/btr432
4627:10.1093/bioinformatics/btw300
4577:10.1093/bioinformatics/btq100
4214:
3091:C. Micheletti & H. Orland
2633:S.B. Pandit & J. Skolnick
2466:R. Mosca & T.R. Schneider
2350:tool and "matchmaker" command
2256:M. Sippl & M. Wiederstein
5021:10.1371/journal.pcbi.1008502
4953:; Konagurthu A. (Apr 2017).
7:
4176:-- Dihedral Backbone Angles
4140:-- Sequence-based alignment
3907:lternative alignments, and
2558:tructure similarity search
2415:E.S.C. Shih & M-J Hwang
2121:M. Shatsky & H. Wolfson
2086:M. Shatsky & H. Wolfson
1753:A. Guerler & E.W. Knapp
10:
5089:
4399:10.1038/s41587-023-01773-0
3597:P. Shealy & H. Valafar
3558:P. Daniluk & B. Lesyng
693:R. Russell & G. Barton
380:Y. Zhang & J. Skolnick
224:CEM Strauss & AR Ortiz
4528:10.1016/j.str.2012.01.024
4489:10.1142/s0219720006002417
4350:10.1101/2024.05.31.596898
778:X. Yuan & C. Bystroff
580:C. Orengo & W. Taylor
3911:on-sequential alignments
3544:SSE & CĪ± & C-Map
3332:Protein Comparison Tool
3198:J. Konc & D. Janezic
1966:W-M. Zheng & S. Wang
1938:W-M. Zheng & S. Wang
736:O. Dror & H. Wolfson
535:Chemical Computing Group
4825:10.1186/1471-2105-14-24
4128:-- All Atoms Alignment;
3435:SSE & CĪ± & SASA
3262:rocedure for detecting
598:rangements of Backbone
4432:Nucleic Acids Research
4276:Nucleic Acids Research
4233:Nucleic Acids Research
3831:extension of DeepAlign
1789:Z. Aung & K.L. Tan
1490:Improvements over LOCK
4951:Garcia de la Banda M.
4774:10.1186/1748-7188-7-4
3339:, Sequence Alignments
3337:Circular Permutations
3153:Gerstein & Levitt
2392:lgorithm for finding
1055:Y. Ye & A. Godzik
974:Y. Ye & A. Godzik
22:structural comparison
4387:Nature Biotechnology
4084:server/documentation
3676:Shah & Sahinidis
2737:al Surface Alignment
26:structural alignment
5012:2020PLSCB..16E8502B
4667:2013NatSR...3E1448W
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3899:nverse alignments,
2779:econdary Structure
2695:wists derived from
2400:omology of proteins
1318:tein least-squares
1101:nsition of protein
927:server and download
404:server and download
376:server and download
339:server and download
4812:BMC Bioinformatics
4655:Scientific Reports
4444:10.1093/nar/gkg571
4064:strucmotif-search
3655:uperimposition of
3615:sequence alignment
3295:SA Tableau Search
2988:QP Tableau Search
2675:lexible Structure
2441:n the presence of
2437:rotein structures
2065:ible Alignment of
1018:lexible Structure
917:CĪ±, AllA, any atom
892:J Jung & B Lee
758:gnment of proteins
4675:10.1038/srep01448
4620:(17): 2650ā2658.
4438:(13): 3370ā3374.
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4182:-- Protein Blocks
4101:
4100:
3891:MICAN can handle
3851:S. Wang and J. Xu
3820:S. Wang and J. Xu
3099:MSVNS for MaxCMO
2890:M.S. Madhusudhan
2641:TOPS+ COMPARISON
2508:tein (Structure)
2100:ple Alignment of
5080:
5058:
5057:
5051:
5043:
5033:
5023:
5006:(12): e1008502.
5000:PLOS Comput Biol
4991:
4985:
4984:
4974:
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4940:
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4472:
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4465:
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4426:Zemla A (2003).
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2330:S. Bhattacharya
2199:ranslations and
1414:A.S. Konagurthu
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36:
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